Dnešní Základní umělecká škola Charlotty Masarykové vznikla jako samostatný subjekt 1. 9. 1960 - tehdy jako Lidová škola umění v Praze 6 - Liboci. V tomto roce měla 4 učitele, kteří vyučovali 96 žáků. V počátcích své existence se škola musela vypořádat mj. i s nutností vyučovat na různých detašovaných pracovištích (např. v Libčicích, Nebušicích, Ruzyni atd).
V roce 1973 měla škola už 16 učitelů a 265 žáků. Díky výbornému pedagogovi Františku Černíkovi byla dosavadní výuka ve smyčcovém oddělení rozšířena o komorní a orchestrální hru. Současně byly otevřeny i další nové obory - hra na harfu, příčnou flétnu a výuka PHV tanečního oddělení. Škola pořádala koncerty na zámcích v Březnici a ve Veltrusích.
V roce 1982 se začalo vyučovat v budově ve Veleslavínské ulici č.32/54. Nová budova poskytla kromě větších prostor i kvalitnější materiální a technické vybavení.
O šest let později měla škola již 23 učitelů a 500 žáků.
Roku 1990 se stal ředitelem Miroslav Kokoška. Od 3. 9.1990 ZUŠ ve Veleslavíně nese jméno Charlotty Masarykové. Ve škole nadále působí oddělení klasické hudby a tance. Nově bylo v tomto školním roce otevřeno oddělení výuky moderní hudby s jazzovým zaměřením (vyučuje se hře na elektrickou kytaru, baskytaru, bicí nástroje, klávesové nástroje, syntetizátor a saxofon).
V prosinci roku 2005 byl jmenován na základě konkurzu do funkce ředitele školy MgA. Miloslav Klaus. Kromě pravidelné výuky škola pokračuje ve velmi úspěšných - již tradičních - společných koncertech žáků a pedagogů v projektu Celá škola na pódiu.
V březnu 2006 se konal první "Koncert učitelských osobností školy" v Tereziánském sále Břevnovského kláštera v Praze 6, pod záštitou knížete Karla Schwarzenberga. Od té chvíle se stal každoroční tradicí.
V letech 2006-2009 usilovala škola o definitivní vyřešení otázky stálého sídla. To se podařilo v květnu r. 2009, kdy Rada HMP svěřila škole do správy objekt v Půlkruhové 99/42. Bylo také rozhodnuto o umístění další části školy do II. patra tehdejší Základní školy praktické ve Vokovické ulici v Praze 6, kde si škola v průběhu rekonstrukce vybudovala pro své potřeby i nový víceúčelový sál.
ZUŠ Charlotty Masarykové tedy opustila po dlouhých letech areál Veleslavína a školní rok 2010/2011 zahájila v nových prostorách, kde také oslavila 50 let od svého založení.
Ve školním roce 2011/2012 proběhla zásadní revitalizace školní zahrady. Postupně tak vznikl nový, multifunkční prostor, který slouží jak návštěvníkům školy k relaxaci, tak i ke kulturním projektům. Komorní amfiteátr s hledištěm přímo vybízí k pořádání open-air koncertů a dalším společenským akcím.
Od 1. 9. 2012 se stává škola tříoborovou, vedle hudebního a tanečního se v sídle školy v Půlkruhové vyučuje i obor výtvarný.
K 60. narozeninám škola získala například nový krásný klavír do koncertního sálu, křídlo značky Steinway & Sons B211. Na zahradě školy bylo také umístěno časové pouzdro se vzkazem pro další generace.